对于某个感兴趣的基因，可能想寻找可以调控该基因表达的上游转录因子有哪些；对于某个转录因子，可能想寻找查找它可以调控的靶基因有哪些。那么应该如何查找呢？

方法

使用的数据库是，Harmonizome。这个数据库的使用方法略有些复杂，不太直观，参考本文章进行学习，转录因子的靶基因，看这一个数据库就够了。

我下载了Harmonizome 数据库中包含的6个 转录因子靶基因数据库，然后将6个数据库的内容进行了汇总。总的数据集很大，用excel打开会卡顿，所以我是在R中用正则表达式进行查询的。最终合并的数据我已保存rds对象，以便以后查询。

为了方便给他人介绍使用方法，我重点推荐两个transfac的curated 和predicted数据库，如下文介绍。

使用总结

我推荐下面两个数据库，可以查询转录因子所调控的靶基因。分别是manually curated的数据库 和predicted数据库。 第一个是manually curated的数据库， TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets ，网址是： https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets 本数据集收录了201个转录因子，共调控3216个基因。

第二个是predicted数据库，TRANSFAC Predicted Transcription Factor Targets，网址是：https://maayanlab.cloud/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Predicted+Transcription+Factor+Targets 本数据集收录了158个转录因子，共调控9273个基因。

以上两个数据库的查询方法一样：在打开的网页中，Filter处输入要查询的转录因子，比如 TP53，即可看到TP53所调控的基因有哪些。

但是这两个工具不能反过来查询，就是输入一个靶基因，看调控它的转录因子有哪些。

所以我下载了两个数据库存储的转录因子-靶基因调控列表，然后整理合并在了一个表格中，名为TRANSFAC_target.xlsx。在Excel表格中，输入转录因子基因名称或者转录因子基因ID，或者反过来输入靶基因名称或者靶基因ID，都可以进行查询。