我发现分析GEO数据时，使用GEO数据集网页里显示的GEO2R分析十分方便。
GEO数据库，GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。
作为与TCGA数据库齐名的一个大型数据库，GEO数据库是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。利用这个数据库，我们可以检索到其他一些人上传的一些实验测序数据。
关于定义分组信息，有一处需要特别提醒如下： 定义组的顺序对下游结果有影响。对于两组比较，通常应该先定义试验组，然后定义对照组——这样，log fold变化方向将遵循惯例，与对照组相比，检测样本中基因上调的log fold变化方向为正值，下调的log fold变化方向为负值。(注:此更改于2020年11月实施。如果您需要复制前面的分析，您可以颠倒创建组的顺序)。