PEAKS软件概况

• PEAKS studio：database search, PTM, Label free quantification
• PEAKS online: 服务器，并发访问和使用
• PEAKS AB：抗体测序

优势

*　AI based de novo sequencing *　兼容DDA DIA，消除数据偏向性 *　支持离子糖度分析，构建4D 蛋白质组学 *　基于特征谱图检测算法，深度挖掘质谱数据 *　清晰明了的project workflow,简化软件操作 *　出色的分析结果可视化页面

定性数据分析：蛋白鉴定

从MS/MS spectra出发

• spectrum library search: pe-defined peptide screen
• database sequence search: match sequence from known coding region
• de novo sequencing: non coding, variants, splicing, unknow sequence，如肿瘤新生抗原， VDJ 基因

以上三种方法，的search space，一般是逐渐增加。

多肽从头测序 de novo sequencing

根据碎片离子之间的差值，推断氨基酸残基。

de novo 技术难点：

• 1 - 20 length 次方的氨基酸序列可能性
• multiple fragment types,
• mixed with noise peak
• predicted AA 质量总和 要等于 前体离子的质量

DeepNovo for DDA data 到 DeepNovo for DIA data

通过卷积神经网络，和递归神经网络，来理解二级图的图像。

通过保留时间预测，增强deep novo 的性能

PEAKS de novo的精度

local confidence score

大于90%， very high confidence

序列数据库的搜索 DB search

• de novo 辅助的数据库搜索

• 基于特征谱峰的定性方法

• 同时兼容DDA DIA

de novo 如何辅助数据库搜索？ 对于一张二级谱图，同时进行de novo search， 和DB search,比较两个搜索结果的相似性，提高DB　search性能。

当不一致的时候，就可以利用接下来的PEAKS模块：

• PEAKS PTM 模块 K 和Q 的残基质量差小于0.04Dalton，当二级谱图tolerance 设置为0.05 dalton时，这两个残基就都是有可能的。

• SPIDER 模块， 同源搜索

多肽特征峰的检测算法