Rstudio配置镜像

2022-04-01

R编程，就是 **用别人的包和函数 **讲述你自己的故事，所以R编程中经常要进行下载package。生物学分析用的package主要就是从CRAN 和Bioconductor进行下载。R使用install.packages 来安装CRAN中的packages，使用 BiocManager::install() 安装bioconductor中的程序包。由于默认会选择国外CRAN 和Bioconductor，速度慢，常导致下载失败。所以可以设置使用国内镜像，提高下载速度。

引言

R编程，就是 **用别人的包和函数 **讲述你自己的故事，所以R编程中经常要进行下载package。生物学分析用的package主要就是从CRAN 和Bioconductor进行下载。R使用install.packages 来安装CRAN中的packages，使用 BiocManager::install() 安装bioconductor中的程序包。由于默认会选择国外CRAN 和Bioconductor，速度慢，常导致下载失败。所以可以设置使用国内镜像，提高下载速度。

关于镜像的介绍，和一些开源软件的国内镜像源整理，请点击 这里 .

Rstudio设置镜像的三种方法

这里介绍几种在R 中设置镜像的方法。分别以CRAN中的mailR包安装，以及Bioconductor中的 “GenomicFeatures” 包和”AnnotationDbi”包安装为例。CRAN国内源设置为清华的镜像，Bioconductor的国内源设置为中科大的bioc镜像。

因为安装Bioconductor中的程序包，需要Bioconductor自己的安装工具BiocManager，所以如果之前不曾安装过的话，先运行下面代码安装BiocManager。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

每次安装package时设置镜像

  • CRAN中的mailR安装
install.packages('mailR', repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
  • Bioconductor中的 “GenomicFeatures” 包安装，使用BiocManager中的install()函数
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"), site_repository = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

在rstudio IDE中设置默认镜像

在rstudio IDE中只能设置CRAN 的默认镜像。

操作方法是：

  1. 在rstudio IDE中，Tools工具子菜单，点击进入Global options功能。
  2. 在Global options窗口中，点击右边菜单packages。
  3. 进入packages management（工具包管理），点击Change（更改下载节点CRAN mirror），选择中国区域内的镜像，再点击下方OK-Apply即可。

修改R配置文件.Rprofile以设置默认镜像

  • CRAN (The Comprehensive R Archive Network) 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。在文末添加如下语句:
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  • Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。在文末添加如下语句:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

所以以上两个镜像设置语句可以一起添加到.Rprofile 文末即可。