在用ggplot绘制，KEGG富集结果的bubble plot时，以每个KEGG通路中，包含的list 中的基因数目来表示bubble的大小，但是默认的语法出来的结果，在gene number比较小的时候，比如区间是[1, 3]时，size 图例中就会出现小数。但基因数目不可能是小数，所以需要解决这个问题。
解决办法是，在scale_size_continuous() 中，在 breaks 函数中使用 round 函数。
解决办法
在scale_size_continuous() 中，在 breaks 函数中使用 round 函数。
下图是我的，对富集结果列表中的上调蛋白 和下调蛋白的基因列表分别进行作图的代码：
# KEGG bubble plot
invisible(
lapply(seq_along(enrichKEGG_res_sig), function(x)
enrichKEGG_res_sig[[x]] %>%
dplyr::mutate(across(
.cols = starts_with("num"),
.fns = as.numeric
)) %>%
dplyr::mutate(gene_ratio = num_in_KEGG / num_in_list) %>%
ggplot(aes(x = gene_ratio,
y = Description)) +
geom_point(aes(
size = num_in_KEGG, color = -1 * log10(qvalue)
)) +
scale_size_continuous(name = "Gene number",
breaks = round) +
scale_color_gradient(
name = expression(paste("\u2013 Log " * italic("P"))),
low = "blue",
high = "red"
) +
labs(x = "Gene ratio",
y = NULL) +
theme_bw() +
ggsave(
filename = file.path(res_dir,
paste0(
names(enrichKEGG_res_sig)[x], "_KEGG_bubble.jpeg"
)),
width = 15,
height = 10,
units = "cm"
))
)