Maxquant 软件下载之后，进行搜库时经常报错。后来发现，是软件安装包的问题。一定要使用特定版本的软件安装包才可以。

引言

平台新买的电脑上安装的maxquant软件，已经测试可以正常进行搜库了。平台老师已可以使用maxquant搜库了。

• 我将原来的maxquant软件安装包，删除了，重新安装了一个新版本的maxquant（MaxQuant_1.6.2.10），这个版本是目前可以工作的版本，其他的相近的版本比如1.6.1版本的不能工作。
• 对于安装maxquant后报错 netframe work 的报错，我总结了一个单独的文档，可以启用windows 中对应的framework来使得maxquant软件可以使用。
• 搜库时，在raw data界面，set no fraction时，可以一次性将多个raw file设置成独立的实验，也可以通过set experiment，来设置experiment信息。
• 对于需要进行LFQ非标定量的搜索，注意LFQ的计算方法，是基于多组比较的，所以要搜给出LFQ值的数据时，至少有两个experiment才可以。
• 对于需要进行iBAQ 的搜索，直接勾选iBAQ 即可。iBAQ的计算，是首先要进行搜索计算intensity 的，所以给出来的结果会包含intensity 和iBAQ 。计算iBAQ和计算LFQ互相独立，不冲突。